當前所在頁面：快速準確的診斷可以對病情進行監控，提供有效治療，控制疾病的蔓延。目前常用的病原微生物分子檢測方法主要有：PCR技術（包括常規PCR以及qPCR），基因芯片技術，NGS測序技術。還有一些其他技術如質譜（MALDI-TOF-MS）等。
一、NGS在病原微生物檢測的中的應用
傳統的檢測方法主要有涂片鏡檢，生化反應和免疫學檢測等等，但存在周期長、過程復雜以及靈敏度低等特點。PCR技術的出現部分解決了上述的問題，但是難以解決未知微生物檢測的難題。而NGS檢測無需對病原體進行分離培養，也不依賴于已知的核酸序列設計引物等，可直接對標本進行測序鑒別，大大縮減建庫時間，提高診斷效率，尤其在未知病原微生物檢測方面有無與倫比的優勢。
目前NGS在病原微生物鑒定方面主要有兩種形式：rRNA多樣性測序和全基因組測序，前者偏向細菌、真菌的鑒定以及菌群分析，后者獲取的信息更為全面，一般偏重病毒鑒定。
在當前的抗生素不規范使用以及宿主免疫等重重壓力下，病原體勢必在毒性以及耐藥方面有進化。這種高毒性的以及高耐藥性的菌株往往是導致感染性疾病發病率、死亡率居高不下的重要原因。
臨床上耐藥性及毒性檢測方法主要是體外藥物敏感性試驗、耐藥菌表型檢測等方法。這些方法操作繁瑣，且較費時、費力。NGS技術通量高、快速，在一次測序反應中即可獲得細菌整個基因組的耐藥、毒力等相關基因信息，有助于揭示病原體毒力及耐藥機制，對臨床治療及指導用藥均具有重要意義。
目前病原體分型方法主要有多位點序列分型、脈沖場凝膠電泳、多位點串聯重復序列分析技術等。這些技術可檢測病原體的型別，但分辨率較低，對于相似或變異度極高的病原體如病毒等則難以區別。而 NGS則彌補了此項缺陷，通過檢測病原體全基因組序列，獲得全部遺傳信息，被認為是分辨率最高的病原體分型方法。
近年來抗生素的不規范使用甚至濫用，使細菌耐藥情況日益突出，耐藥菌株在醫院內的暴發時有發生。NGS技術在對耐藥菌等病原體進行分型的基礎上，可以判斷同源性遠近，分辨不同的進化路線，成為追蹤病原體不可或缺的重要手段。
宏基因組學（Metagenomics）：以微生物生態群落中所有微生物的基因組為研究對象，通過直接從環境樣本中提取全部微生物的DNA或者RNA構建宏基因組文庫，研究群落中物種組成和功能組成、同一個群體內不同微生物的相互作用、微生物群落與宿主之間的相互作用，并進行不同表型的樣品比較分析，來解釋生物學現象。
近年來腸道微生物相關研究愈趨火熱，不少研究表明，腸道菌群與宿主共生共進化，在營養代謝等方面影響人體健康，腸道微生態失衡與人體諸多疾病存在密切關系。腸道微生物中關鍵功能菌更是有可能成為疾病診治的新型生物標志物和治療靶點。2015年《科學》雜志還發文呼吁發起“聯合微生物組計劃”。而NGS測序有望憑借其數據通量高、成本低、速度快的特點，成為研究腸道微生物和宏基因組學的有力工具。
雖然NGS在病原微生物的檢測中有著明顯的優勢，但是也依然面臨不少挑戰：
1、參考數據庫的完整性。微生物檢測鑒定的準確性很大程度上取決于參考數據庫的范圍與完整性；
2、臨床標本的復雜性。臨床標本來源復雜多樣，可能存在病原體信息太少而導致數據丟失或病原體數據混雜在正常菌群中難以區分；
3、NGS測序技術的局限性。目前的分析質量依賴于測序質量、基因組組裝的質量以及參考基因組序列的選擇和質量；
4、質量控制和標準化。參考基因組的選擇，分型方法如何選擇等，目前尚未建立不同標本測序前處理和參數設置的統一標準。
NGS技術被認為是一種極具應用前景的實驗技術，盡管依然路途艱辛，但隨著測序成本的降低以及測序技術的進步，相比較于其他的檢測方法，NGS在病原微生物檢測行業的優勢逐漸凸顯，必將成為臨床診斷的有力工具。目前國內的基因檢測市場空間巨大，臨床醫師也越來越認識到這項技術的價值，加上目前初始階段的從業者們在參考數據庫構建等方面的持續耕耘，病原微生物基因檢測市場有更廣闊的空間亟待發掘。
